電磁兼容仿真基于計算電磁學發展而來，融合了電磁場理論、數值分析方法和計算機軟件等理論。電磁場的算法是仿真的依據，其理論基礎便是麥克斯韋方程。麥克斯韋方程組是電磁場理論最高度概括的數學模型。在電磁兼容三維仿真中用到的典型計算方法包括有限元法（FEM）、有限積分法（FIT）等。

電磁兼容仿真是仿真領域的一個難題。大部分的電磁兼容問題與結構有關，因此首先要精確建模，要求模型包含設備中的各種細節，從而需要進行龐大的網格劃分來實現。但是過于龐大的網格，不但影響仿真效率，還經常導致仿真出錯。另一個難題是電磁兼容仿真是一個大帶寬的仿真。在一個固定頻率下，計算電磁場所需的時間可能較短，但是要想獲得整個頻段的仿真數據，可能需要很長的時間^[2]。